小白一眼就能理解的功能注释数据库
大家好。我是先锋班的生化全球最新章节学生万古神帝最新章节。及时制止损失。作为对生命和信任系统讲座的补充，今天我将介绍一个关于lncrna的数据库，它是以一种像傻瓜一样的方式运行的！当然，如果你对出生信息的分析不涉及lncrna，你可以先收集它，然后再学习它。接下来，我们将开始解释！
数据库简介
对lncrna进行信念分析的学生知道，要理解lncrna的功能，必须找到lncrna的靶基因(cerna常规除外)，共表达分析是预测lncrna靶基因的常用方法。共表达基因数据库是通过共表达分析预测共表达基因的靶基因，通过对靶基因的go/kegg富集分析，解释了共表达基因的生物学功能，为进一步的机制研究提供了依据。共收集了来自28个人类组织/细胞系的29012个样本的核酸序列数据，包括来自tcga的133个数据集和来自地球同步轨道的108个数据集。该数据库还可以连接到地球观测组织、恩森布尔、ucsc和其他网站。数据库网站:在使用这些数据时注意引用的文献:赵z，白杰，吴，阿，等.共-lncrna:基于人类rna-seq数据的go注释和kegg路径中lncrna组合效应的研究.数据库(牛津). 2015；2015年:bav082。doi:10.1093/database/bav082
让我们用三张图片宏观地看看这个数据库
▲图1 co-lnc rna数据库流程图
▲图2一氧化碳-lnc核糖核酸数据库中的数据集和样品
▲图3一氧化碳-lnc核糖核酸数据库六个主要功能模块演示
数据库的以下六个主要功能模块逐一演示。
1.cegs模块
共表达基因代表共表达基因，通过这个模块，可以筛选出与单个基因共表达的基因。例如，如图4所示，通过选择一个特定的数据集，输入lncrna的名称(输入格式包括ensembl id和基因符号)，选择共表达分析方法(网站提供了两种分析方法:线性回归和spearman相关)，设置相关系数和p值，点击go，可以得到右侧的结果界面。结果表明，该基因与输入基因、相关系数、p值等信息共表达。点击“模式”下的图表，以显示基因和该基因的散点图。图片有巴布亚新几内亚和pdf下载格式。此外，如果在“搜索方式”中选择了基因，筛选的结果是与编码基因共表达的基因。
▲图4心电图模块:①选择数据集；②介绍选定的数据集；③选择输入基因的类型；④输入基因名称，选择分析方法，设置阈值；⑤样本数据；⑥帮助；⑦lnc rna；⑧基因；⑨相关系数；主治p值。?lncrna-mrna的共现模式；相关散射
2.cegsfuncs模块:
该模块可以对单个或多个基因共表达的基因进行基因富集分析。该示例如图5所示。①-④的设置方式与cegs模块相同。⑤可选择go/kegg富集分析功能，⑥可设置p值。以kegg富集分析为例，结果界面显示在右侧。点击“#overlap”下相应的数字，显示在该途径上富集的细胞外基质(⑨)，点击途径名称(图中的“hsa04110”)显示完整的途径，用不同的lncrna共表达的细胞外基质用不同的颜色标记()。
▲图5 cegsfuncs模块:①选择数据集；②介绍选定的数据集；③选择输入基因的类型；④输入基因名称，选择分析方法，设置阈值；⑤选择go/kegg；；⑥设定富集分析的磷阈值；⑦样本数据；8帮助；⑨显示cegs富含kegg途径；⑩“hsa 04110”路径图；?lncrna名单；?tug1(ensg00000253352)cegs；?malat1(ensg00000251562)cegs；?tug1(ensg00000253352)和马拉特(ensg00000251562)
3.合并cegsfuncs模块:
与cegsfuncs模块相比，该模块可以对多个数据集进行组合和分析，从而减少不同数据集对lncrna共表达基因的影响。除了可以在第一步中选择多个数据集之外，其他操作与cegsfuncs模块的操作相同。按住shift或ctrl键选择多个数据集。
▲图6合并cegsfuncs模块4。cegsnet模块:
该模块可以显示与单个或多个基因共表达的基因。以多基因列表为例(图7)，选择要分析的数据集，输入基因列表，选择分析方法，设置相关系数和p值，点击进入右侧结果界面。您可以单击右上角的图标来缩放和移动图片，但缺点是图片无法下载。
▲图7 cegsnet模块:①选择数据集；②介绍选定的数据集；③输入基因列表，选择分析方法，设置阈值；④样本数据；⑤帮助；⑥lnc rna tug 1(ensg 0000253352)；⑦lnc rna malat1(ensg 0000251562)；⑧tug 1(ensg 0000253352)cegs；⑨马拉特1号(ensg00000251562)发动机；⑩参加tug 1(ensg 0000253352)和malat1(ensg 0000251562)cegs
5.分析您的数据模块
如果您的数据集未包含在共表达基因数据库中，您可以通过此模块上传您的共表达基因和基因表达矩阵，用于共表达分析和富集分析。上传图中步骤①和步骤②的两个表达式矩阵。矩阵的具体格式如下:通过设置参数③-⑦得到期望的结果。如图所示，共表达和富集分析可以一步完成。对生活信函进行分析的学生知道，无论是使用r语言还是数据库，输入文件的格式都非常重要。如果格式不正确，将会报告错误。
▲图8分析你的数据模块:①上传基因表达矩阵；②上传基因表达矩阵；③选择共表达分析方法；④设定回归/相关系数；⑤设定p值；⑥选择cegs合并模式；⑦选择go/kegg；；⑧设定富集分析的磷值；⑨样本数据；出席说明；?lncrna表达式矩阵的输入格式；?mrna表达式矩阵的输入格式；共表达分析结果；相关散点图；丰富分析结果；“hsa 05212”路径图
6.下载模块
介绍了这一点之后，如果您对该数据库前面的功能不满意(例如，分析结果无法下载，可视化效果不佳等)。)，请直接进入本模块。对于数据库中包含的241个数据集，该模块可以提供下载功能，包括每个数据集的基因表达谱、基因表达谱和共表达分析结果。下载的数据可以通过r语言或其他工具进一步分析和可视化。如果它碰巧包含了你正在研究的数据集，那就太方便了，这意味着数据库已经被分析、打包并放在那里，所以你可以下载它。
▲图9下载模块:①概述；②241个数据集；③③基因注释文件；④去/kegg文件
鸡蛋部分
数据库中还有一个身份转换模块，可以进行基因身份的批量转换，包括恩森布尔身份、基因符号和恩特雷兹基因。从那以后，有了另一个工具来转换基因标识！
▲图10变频器模块的文档示例
目前，中国期刊全文数据库发表的文章很少。这篇文章发表在《口腔肿瘤学》(if 3.73)上。作者研究的肿瘤是口腔癌。通过分析获得的两个基因表达谱被放入共基因表达谱数据库中进行功能富集，一些相关的信号通路被可视化。这里使用了cegsfuncs模块的功能(图12)。
▲图12文献综述示例(pmid:27424183)
综上所述，共表达基因数据库可以对单个或多个共表达基因进行共表达分析和go/kegg富集分析，并具有一定的可视化程度。它还支持上传自己的数据进行分析。这是一个网站的功能注释的lncrna操作在一个愚蠢的方式。数据库提供了示例数据，所以让我们去实践它吧！
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文章来源：www.atolchina.com